1948-ban a péceli Fáy család kastélyában és a kastélyhoz tartozó parkban gépállomást hoztak létre, melyet 1952-ig működtettek. Az akkori Földművelésügyi Minisztérium Szakoktatási Főosztálya hozott létre a fölszámolt gépállomás épületeit, eszközeit felhasználva egy szakmai képzést nyújtó iskolát Pécelen.

1956-tól az iskola már mezőgazdasági szakiskolaként működött. Ennek keretében mezőgazdasági technikumban, gimnáziumban érettségizett tanulókat vettek fel, országos beiskolázással.

1960-tól az érettségizett tanulók oktatása mellett megindult a szakmunkásképzés is.

1963-tól 1968-ig az intézmény Felsőfokú Baromfitenyésztő Technikumként működött. 1968-tól a technikumok átszervezésével a péceli iskola csak szakmunkásképzéssel foglalkozott és az addigi vasadi székhellyel működő megyei mezőgazdasági iskola tette át ide központi iskoláját.

1971-ben Halásztelken felépült a kertészeti szakmunkásképző iskola, így a péceli iskola profilja változott, redukálódott, s ettől kezdve csak szakmunkásképzésről beszélhetünk.

1972-ben az iskola területén felépült az állatház, és egy három egységből álló gyakorlóhely. Ebben tejlabor, keltető és csibenevelő, valamint 1000 tojótyúk befogadására alkalmas ketreces tojóház volt.

1985-ben beindult a lótenyésztő szakmunkások képzése és 1988-tól a szakközépiskolai képzés általános állattenyésztő szakon.

A középiskolai képzés bevezetését iskolabővítés előzte meg. Az emeletre tetőteret építettek, így négy tanteremmel, egy előadóval és egy stúdiószobával gyarapodott az iskola. Új közös elképzelések nyomán az iskola elindította közgazdasági tagozatát, így a mezőgazdasági képzés mellett érettségit és szakmai végzettséget adó közgazdasági képzés is elkezdődött 1992-ben. A közgazdasági képzés mellett beindult a mezőgazdasági szakközépiskolások számára az ötödéves technikusképzés is.

1992-ben elkészült az iskola területén a két üvegházzal rendelkező kertészeti egység, gombatermesztő pincével.

1993-ban a Fáy család iránti tiszteletből az iskola felvette a Fáy András nevet.

1998-ban felépült az iskola saját tangazdasági a péceli Kishársasban, ahol a diákok színvonalas gyakorlati oktatása folyik. Ez a tangazdaság 2002-ben 15 férőhelyes lóistállóval bővült.